生物信息数据处理与Perl语言编程应用专题培训课程-中心

培训大纲：

一、Perl的基本语法
1.变量：标量，数组（一维数组和二维数组）和哈希
2.数据结构：循环，条件
3.常用函数
二、文件与目录操作
1.文件的读入与输出
2.文件测试
3.目录操作
三、正则表达式
1.匹配操作符及修饰符
2.替换操作符及修饰符
3.转换操作符
四、子函数、包和模块
1.子函数
2.包
3.模块
五、Bioperl简介和常用的模块
1.简介
2. Bio::SeqIO
3.其他模块简介
六、在NGS中应用范例
主要通过实例讲解文件的输入与输出，常用生物学格式的读取与操作；文件的过滤与合并等。具体实例如下：
1.根据ID提取FASTA序列（数据筛选）
2.根据位置提取FASTA序列（函数，包括反向互补等的实现）
3.统计FASTA序列GC含量（哈希解决统计数目类问题）
4.统计大于指定长度的FASTA序列（数据筛选）
5.提取GFF3文件中多外显子基因的注释信息（二维数组与哈希）
6.FASTQ序列按照指定的Read数目进行切割（文件分割）
7.FASTA序列切割成一条序列一个文件，并用序列ID进行命名（文件操作）
8.提取有完整编码框的（有起始密码子和终止密码子）CDS序列（正则）
9. GFF3与GTF互相转换（格式转换）
10.将DNA翻译为蛋白质序列（正则）
11.提取指定基因的GFF3注释信息（筛选）
12.将每一个样本的FPKM值合并到一个文件中（文件合并）
13.根据Identity和Coverage筛选BLAST结果（过滤）
14.坐标转换（数据转换）
15.提取指定位置的基因注释信息（提取）
七、CPAN简介